網(wǎng)上有很多關(guān)于連接pos機(jī)的軟件,VaspCZ軟件詳細(xì)介紹的知識(shí)，也有很多人為大家解答關(guān)于連接pos機(jī)的軟件的問題，今天pos機(jī)之家(www.afbey.com)為大家整理了關(guān)于這方面的知識(shí)，讓我們一起來看下吧!
本文目錄一覽：
連接pos機(jī)的軟件
一、VaspCZ軟件簡介
VaspCZ(Vasp Check by Zzd)是中科院上海應(yīng)物所的張正德博士在讀博期間為提高科研效率而開發(fā)的Vasp輔助程序。該程序包含軟件部分和API部分。
https://github.com/zhangzhengde0225/VaspCZ(VaspCZ)
軟件部分提供了Linux字符串用戶界面，用于在超算平臺(tái)中快捷提交任務(wù)和檢查結(jié)果。包含三個(gè)模塊：結(jié)構(gòu)優(yōu)化和靜態(tài)計(jì)算(OS)模塊、過渡態(tài)計(jì)算(NEB)模塊和測試(Test)模塊。
API部分為軟件部分的底層，是自己寫的一個(gè)python庫。為有python基礎(chǔ)的研究者提供了調(diào)用相關(guān)功能的接口，可以實(shí)現(xiàn)自定義計(jì)算和編寫上層應(yīng)用。庫名：VaspCZ.zzdlib，包含三個(gè)模塊：shell模塊、File模塊和Vasp模塊。API說明文檔。
https://github.com/zhangzhengde0225/VaspCZ/blob/master/docs/VaspCZ_python_API.md(API說明文檔)
求github star中，如果你覺得本項(xiàng)目不錯(cuò)，煩請點(diǎn)擊項(xiàng)目右上角Star，感謝！~反饋調(diào)試中，如使用中遇到問題，敬請上報(bào)到drivener@163.com，再次感謝！~二、VaspCZ軟件安裝1. 安裝和卸載代碼下載：
git clone https://github.com/zhangzhengde0225/VaspCZ.git
或者訪問github VaspCZ 網(wǎng)址下載，下載后解壓：
unzip VaspCZ.zip
進(jìn)入安裝程序目錄：
cd VaspCZ
默認(rèn)VaspCZ安裝配置為：
程序安裝路徑說明VaspCZ軟件用戶根目錄/binlinux主程序vtst用戶根目錄/binVTST過渡態(tài)工具VaspCZ.zzdlib相應(yīng)python3的site-packages目錄python API 接口Vasp.sh用戶根目錄超算平臺(tái)PBS系統(tǒng)提交任務(wù)的腳本，需要自行準(zhǔn)備拷貝到該路徑下并命名為Vasp.shPseudoPotential用戶根目錄生成POTCAR所需的贋勢文件的文件夾，需要自行準(zhǔn)備并拷貝到該路徑下，命名方式為~/PseudoPotential/[贋勢名]vcz用戶根目錄/bin/VaspCZVaspCZ主程序快捷鍵如需修改安裝配置，請修改install.py第6-10行對應(yīng)設(shè)置再進(jìn)行安裝。
安裝：
python3 install.py
輸入快捷鍵運(yùn)行程序：
vcz
程序界面如圖：
出現(xiàn)程序界面，說明安裝成功。
如更新版本，安裝前請先卸載：
python3 uninstall.py
2. 錯(cuò)誤提示(1) 權(quán)限不足
如果安裝時(shí)提示：
PermissionError: [Errno 13] Permission denied: \'VaspCZ\'
請使用管理員賬號用以下命令安裝。
sudo python3 install.py
如無管理員賬號，請給當(dāng)前用戶安裝獨(dú)立的python后再安裝VaspCZ
源碼安裝用戶獨(dú)立python3教程
(2) 缺少python庫
VaspCZ運(yùn)行需要的庫有：
numpy
如果提示：
ModuleNotFoundError: No module named \'numpy\'
使用pip3安裝相應(yīng)庫即可：
pip3 install numpy
三、VaspCZ軟件使用和示例本章主要描述軟件部分的使用方法和示例，Python API接口部分僅描述功能，接口詳細(xì)信息參見API說明文檔。
1. VaspCZ 軟件部分 (主程序)軟件部分提供了Linux字符串用戶界面，用于在超算平臺(tái)中快捷提交任務(wù)和檢查結(jié)果。包含三個(gè)模塊：結(jié)構(gòu)優(yōu)化和靜態(tài)計(jì)算(OS)模塊、過渡態(tài)計(jì)算(NEB)模塊和截?cái)嗄躃點(diǎn)測試(Test)模塊。
成功安裝后輸入快捷鍵即可進(jìn)入用戶界面：
vcz輸入模塊對應(yīng)的選項(xiàng)即可進(jìn)入相應(yīng)模塊。
(1) Opt and Sta 模塊該模塊提供了用于快捷進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化(Optimization)計(jì)算和靜態(tài)(Static)計(jì)算的功能。
用戶界面：
包含功能：
功能標(biāo)簽功能名稱1.1產(chǎn)生Vasp輸入文件(示例)1.2修改INCAR為靜態(tài)計(jì)算INCAR1.3產(chǎn)生贋勢文件POTCAR1.4產(chǎn)生網(wǎng)格文件KPOINTS1.5產(chǎn)生提交任務(wù)腳本Vasp.sh1.6僅保留Vasp輸入文件1.7前檢查并提交任務(wù)1.8后檢查并打印計(jì)算結(jié)果OS模塊功能示例：進(jìn)入到項(xiàng)目自帶的examples：(請將"/home/zhangzd/bin"替換你的VaspCZ安裝路徑)
cd /home/zhangzd/bin/VaspCZ/examples/
OS模塊下1.1-1.7功能示例：進(jìn)入1.1-1.7
cd 1.1-1.7
該文件夾為空文件夾。輸入：
vcz
1
而后輸入1-7數(shù)字可以執(zhí)行相應(yīng)功能
1.1 產(chǎn)生Vasp輸入文件(示例)會(huì)在該目錄下產(chǎn)生Vasp的5個(gè)輸入文件的示例：INCAR、POSCAR、POTCAR、KPOINTS和Vasp.sh
注意：生成Vasp.sh文件需要配置：Vasp.sh為PBS系統(tǒng)提交任務(wù)的腳本，因不同平臺(tái)的腳本內(nèi)容會(huì)有所不同，請將適合該平臺(tái)的腳本正確拷貝到安裝目錄下，默認(rèn)為：用戶根目錄，目錄結(jié)構(gòu)如下所示：
用戶根目錄(或配置的Vasp.sh路徑)
|
| Vasp.sh
| ...(files)
1.2 修改INCAR為靜態(tài)計(jì)算的INCAR在當(dāng)前路徑的結(jié)構(gòu)優(yōu)化INCAR上修改為靜態(tài)計(jì)算的INCAR。
修改項(xiàng)目：
SYSTEM=Static
IBRION=-1
NSW=1
# EDIFFG=-0.01
1.3 產(chǎn)生POTCAR輸入元素列表和贋勢類型產(chǎn)生POTCAR。
默認(rèn)產(chǎn)生適配當(dāng)前目錄下的POSCAR內(nèi)的元素的POTCAR，默認(rèn)贋勢類型為PBE。
注意：將從安裝VaspCZ時(shí)配置的贋勢路徑下讀取數(shù)據(jù)，默認(rèn)為用戶根目錄。使用該功能請將贋勢文件夾命名為PseudoPotential并按如下目錄安裝。
用戶根目錄(或配置贋勢安裝路徑)
|
+---PseudoPotential
|
+---PBE
| |
| +---H
| +---He
| +---...(dirs)
|
+---PW91
+---LDA
+---US_LDA_GGA
+---...(dirs)
1.4 產(chǎn)生KPOINTS輸入網(wǎng)格和方法產(chǎn)生KPOINTS文件。
默認(rèn)網(wǎng)格為：5 5 5。
默認(rèn)方法為：Monkhorst 。與Vasp官網(wǎng)一致，方法可只輸入開頭的字母如：M，可選方法有：M(Monkhorst)，A(Auto)
1.5 產(chǎn)生Vasp.sh輸入任務(wù)所需節(jié)點(diǎn)數(shù)、核數(shù)和任務(wù)名產(chǎn)生提交任務(wù)腳本Vasp.sh。
默認(rèn)：節(jié)點(diǎn)數(shù)：1 核數(shù)：12 任務(wù)名：jobname
注意：將從VaspCZ安裝時(shí)候配置的Vasp.sh路徑下讀取數(shù)據(jù)，默認(rèn)為用戶根目錄。使用該功能前請正確安裝Vasp.sh。
1.6 保留Vasp輸入文件刪除其他所有文件和文件夾，僅保留Vasp的5個(gè)輸入文件(INCAR、POSCAR、POTCAR、KPOINTS和Vasp.sh)，用于計(jì)算出現(xiàn)問題，重新算。
選擇該功能后可輸入文件名添加需要額外保留的文件。
1.7 前檢查并提交任務(wù)準(zhǔn)備好輸入文件后，進(jìn)行前檢查，檢查INCAR、POSCAR和POTCAR是否匹配，檢查通過后將打印檢查信息，并提示是否提交任務(wù)。
OS模塊下1.8功能示例：退出1.1-1.7并進(jìn)入1.8
cd ..
cd 1.8
該文件夾為計(jì)算好的Fe-Te體系不同情形下的結(jié)構(gòu)優(yōu)化結(jié)果。
輸入運(yùn)行1.8功能：
vcz
1
8
1.8 檢查結(jié)果檢查當(dāng)前目錄及所有子目錄下的結(jié)構(gòu)優(yōu)化和靜態(tài)計(jì)算的結(jié)果，如OUTCAR或者log中有錯(cuò)誤(ERROR)或警告(WARNING)或提示所在位置。
輸出如圖所示：
檢查所有路徑計(jì)算是否完成，輸出當(dāng)前路徑、完成狀態(tài)、離子步數(shù)和電子步數(shù)。
檢查完后，輸出當(dāng)前路徑、能量、離子步數(shù)、磁矩、POSCAR和CONTCAR原子之間的距離、原子最大受力。
(2) NEB 模塊該模塊提供了便捷的NEB方法計(jì)算過渡態(tài)的功能。
用戶界面：
包含功能：
功能標(biāo)簽功能名稱2.1一鍵結(jié)構(gòu)優(yōu)化到靜態(tài)計(jì)算2.2一鍵靜態(tài)計(jì)算到過渡態(tài)計(jì)算2.3過渡態(tài)振動(dòng)分析2.4僅保留結(jié)構(gòu)優(yōu)化輸入文件2.5僅保留過渡態(tài)輸入數(shù)據(jù)2.6檢查過渡態(tài)受力情況2.7檢查過渡態(tài)各態(tài)原子距離2.8檢查過渡態(tài)計(jì)算結(jié)果2.9檢查過渡態(tài)振動(dòng)分析結(jié)果過渡態(tài)計(jì)算的一般過程：先做結(jié)構(gòu)優(yōu)化，而后靜態(tài)計(jì)算，最后過渡態(tài)計(jì)算，如需再振動(dòng)分析。目錄結(jié)果如下：
NEB計(jì)算目錄
| ...(files)
+---ini
| | ...(files)
| +---Opt
| | ...(files)
+---fin
| ...(files)
+---Opt
| ...(files)
在準(zhǔn)備進(jìn)行過渡態(tài)計(jì)算的目錄下，創(chuàng)建文件夾ini和fin分別代表初態(tài)和末態(tài)，在它們之下再分別創(chuàng)建Opt文件夾。
計(jì)算步驟如下：
1、ini/Opt/下進(jìn)行初態(tài)的結(jié)構(gòu)優(yōu)化。
2、fin/Opt/下進(jìn)行末態(tài)的結(jié)構(gòu)優(yōu)化。
3、ini/下在結(jié)構(gòu)優(yōu)化完成后進(jìn)行靜態(tài)計(jì)算以獲得更準(zhǔn)確的能量。
4、fin/下在結(jié)構(gòu)優(yōu)化完成后末態(tài)靜態(tài)計(jì)算。
5、當(dāng)前路徑下在兩個(gè)靜態(tài)計(jì)算完成后進(jìn)行過渡態(tài)計(jì)算。
6、如需，過渡態(tài)完成后當(dāng)前路徑下進(jìn)行振動(dòng)分析。
NEB模塊功能示例：進(jìn)入到VaspCZ安裝目錄examples文件夾下：
cd /home/zhangzd/bin/VaspCZ/examples
2.1 一鍵結(jié)構(gòu)優(yōu)化到靜態(tài)計(jì)算如前過渡態(tài)的一般過程所示，結(jié)構(gòu)優(yōu)化完成后，自動(dòng)進(jìn)行初末態(tài)的靜態(tài)計(jì)算。
進(jìn)入2.1：
cd 2.1
該文件夾下包含一般性的過渡態(tài)計(jì)算結(jié)構(gòu)，且ini/Opt和fin/Opt下計(jì)算已完成。(可用OS模塊的1.8功能檢查結(jié)果)
調(diào)用vcz，選擇功能2.1：
vcz
2
1
此時(shí)：選擇1為當(dāng)前文件夾下的靜態(tài)計(jì)算到結(jié)構(gòu)優(yōu)化，選擇2為一鍵提交ini/和fin/文件下下的靜態(tài)計(jì)算。
輸入節(jié)點(diǎn)數(shù)、核數(shù)和文件名提交任務(wù)。默認(rèn)為：
參數(shù)默認(rèn)值節(jié)點(diǎn)數(shù)ini/Opt/Vasp.sh中讀取核數(shù)ini/Opt/Vasp.sh中讀取任務(wù)名ini/Opt/Vasp.sh中的最后一位改為S2.2 一鍵靜態(tài)計(jì)算到過渡態(tài)計(jì)算如前過渡態(tài)的一般過程所示，靜態(tài)計(jì)算完成后，自動(dòng)進(jìn)行過渡態(tài)計(jì)算。
進(jìn)入2.2文件夾:
cd 2.2
該文件夾下包含一般性的過渡態(tài)計(jì)算結(jié)構(gòu)，且ini/Opt、fin/Opt、ini/和fin/下計(jì)算已完成。(可用OS模塊的1.8功能檢查結(jié)果)
輸入vcz調(diào)用程序選擇功能2.2即可實(shí)現(xiàn)自動(dòng)提交過渡態(tài)計(jì)算任務(wù)。
輸入節(jié)點(diǎn)數(shù)、核數(shù)和文件名提交任務(wù)。
默認(rèn)參數(shù)為：
參數(shù)默認(rèn)值節(jié)點(diǎn)數(shù)~初末態(tài)結(jié)構(gòu)原子距離和/0.8，取奇數(shù)核數(shù)ini/Opt/Vasp.sh中讀取任務(wù)名ini/Opt/Vasp.sh中的最后一位改為N2.3 過渡態(tài)振動(dòng)分析過渡態(tài)完成后，計(jì)算遷移原子在初態(tài)、過渡態(tài)和末態(tài)中三個(gè)自由度上的嘗試頻率。
使用初態(tài)和過渡態(tài)的嘗試頻率可以計(jì)算該遷移過程的有效率。
計(jì)算方法為：該原子在初態(tài)時(shí)三個(gè)自由度上的嘗試頻率之積 比 該原子過渡態(tài)時(shí)的兩個(gè)自由度上(共三個(gè)自由度，其中一個(gè)是虛頻)的頻率之積。
進(jìn)入2.3文件夾：
cd 2.3
該文件夾下包含已經(jīng)計(jì)算好的過渡態(tài)文件。(可用NEB模塊的2.8功能檢查結(jié)果)
調(diào)用vcz，并選擇功能2.3
輸入任務(wù)節(jié)點(diǎn)數(shù)、核數(shù)和是否包含末態(tài)振動(dòng)提交任務(wù)。
默認(rèn)參數(shù)為：
參數(shù)默認(rèn)值節(jié)點(diǎn)數(shù)1核數(shù)8是否包含末態(tài)False提交任務(wù)后會(huì)創(chuàng)建vibanalysis文件夾，內(nèi)再創(chuàng)建inistate, sadstate和finstate，計(jì)算不同結(jié)構(gòu)中遷移原子的振動(dòng)頻率(嘗試頻率)。
2.4 僅保留結(jié)構(gòu)優(yōu)化輸入文件刪除當(dāng)前目錄下的所有文件和文件夾，僅保留ini/Opt/下和fin/Opt下的5個(gè)輸入文件(INCAR, POSCAR, POTCAR, KPOINTS和Vasp.sh)。
該功能用于過渡態(tài)計(jì)算錯(cuò)誤時(shí)回滾到結(jié)構(gòu)優(yōu)化重新計(jì)算。
2.5 僅保留過渡態(tài)輸入數(shù)據(jù)刪除當(dāng)前目錄下的文件和文件夾，僅保留ini/和fin/文件夾下所有內(nèi)容。
該功能英語過渡態(tài)計(jì)算錯(cuò)誤時(shí)回滾到過渡態(tài)重新計(jì)算。刪除后調(diào)用NEB模塊的2.2功能即可重新提交NEB任務(wù)。
2.6 檢查過渡態(tài)受力情況NEB計(jì)算完成或正在計(jì)算中，檢查每一離子步，每個(gè)IMAGE下的受力狀況。
例如：進(jìn)入examples/2.6-2.9文件夾，調(diào)用vcz 2.6 功能：
cd 2.6-2.9
vcz
2
6
輸出如圖所示：
第一列為離子步，第二到四列為插入態(tài)IMAGE01、IMAGE02和IMAGE03在對應(yīng)離子步下該結(jié)構(gòu)中原子所受的最大力，第五列為前面的二到四列之和。如數(shù)據(jù)所示，第8步時(shí)所有插入態(tài)原子最大受力小于0.01 eV/?，達(dá)到INCAR中的收斂要求。
該功能用于檢查過渡態(tài)計(jì)算不收斂時(shí)較為合理的結(jié)構(gòu)。例：假如INCAR中設(shè)置NSW=100，計(jì)算達(dá)100步未收斂，通常第100步并非合理的結(jié)構(gòu)。借助此功能可找到最大受力和最小的步數(shù)，將該步的結(jié)構(gòu)取出進(jìn)行進(jìn)一步分析和計(jì)算。
2.7 檢查過渡態(tài)各態(tài)原子距離NEB計(jì)算完成或NEB計(jì)算生成插入態(tài)后，檢查每個(gè)態(tài)之間原子的距離和。
例如：進(jìn)入examples/2.6-2.9文件夾，調(diào)用vcz 2.7功能：
cd 2.6-2.9
vcz
2
7
選擇需要檢查的結(jié)構(gòu)，默認(rèn)為POS，代表POSCAR，可選為CONT，代表CONTCAR。
輸出如圖所示：
第一列是POSCAR或CONTCAR，第二列是IMAGE，第三列是原子距離和。其值來自于vtst工具，如第一行的值為：
dist.pl 00/POSCAR 01/POSCAR
計(jì)算前檢查POSCAR，用于確保插入過渡態(tài)準(zhǔn)備，線性插入時(shí)各態(tài)距離和應(yīng)相等。
計(jì)算后檢查CONTCAR，用于查看過渡態(tài)中是否有某個(gè)態(tài)弛豫到不可預(yù)測的結(jié)構(gòu)導(dǎo)致過渡態(tài)不收斂。
2.8 檢查過渡態(tài)計(jì)算結(jié)果NEB計(jì)算完成后或計(jì)算中，檢查當(dāng)前目錄及所有子目錄下的NEB計(jì)算結(jié)果(忽略靜態(tài)計(jì)算和結(jié)構(gòu)優(yōu)化)，如OUTCAR或者log中有錯(cuò)誤(ERROR)或警告(WARNING)或提示所在位置，檢查完成后輸出結(jié)果。
例如：進(jìn)入examples/2.6-2.9文件夾，調(diào)用vcz 2.8功能：
cd 2.6-2.9
vcz
2
8
輸出如圖所示：
每一個(gè)有NEB計(jì)算的路徑都會(huì)輸出計(jì)算結(jié)果。第一列為不同的IMAGE，第二列為原子最大受力，第三列為該IMAGE總能，第四列為以IMAGE00作為參考原點(diǎn)是的能量差，最大能量差即為勢壘，對應(yīng)的IMAGE為鞍點(diǎn)。
如數(shù)據(jù)所示，該擴(kuò)散過程(fcc Fe的自擴(kuò)散)的擴(kuò)散勢壘為1.39 eV.
2.9 檢查過渡態(tài)振動(dòng)分析結(jié)果NEB振動(dòng)分析結(jié)束后，檢查當(dāng)前目錄及所有子目錄下的原子振動(dòng)頻率(嘗試頻率)結(jié)果并計(jì)算有效頻率。
例如：進(jìn)入examples/2.6-2.9文件夾，調(diào)用vcz 2.9功能：
cd 2.6-2.9
vcz
2
9
輸出如圖所示：
如數(shù)據(jù)所示，[True, True, False] 說明該子目錄下包含初態(tài)和鞍點(diǎn)態(tài)振動(dòng)分析，不包含末態(tài)。
第一個(gè)1f 2f 3f為遷移原子在初態(tài)結(jié)構(gòu)中三個(gè)方向的振動(dòng)，振動(dòng)頻率分別為6.59, 6.17和4.99 THz。第二個(gè)1f 2f 3f為遷移原子在鞍點(diǎn)態(tài)結(jié)構(gòu)中三個(gè)方向的振動(dòng)，振動(dòng)頻率分別為6.92, 4.67和5.81 THz，其中f/i表示第三個(gè)方向上為虛頻。
該擴(kuò)散過程原子的有效頻率為：初態(tài)三個(gè)振動(dòng)之積比鞍點(diǎn)態(tài)兩個(gè)振動(dòng)之積(排除虛頻)，結(jié)果為: 6.28 THz。
本例是fcc Fe的自擴(kuò)散，擴(kuò)散前后結(jié)構(gòu)等價(jià)，初態(tài)和末態(tài)相同，因此無需算末態(tài)振動(dòng)。
通常體系中對稱性不高，如有2個(gè)以上缺陷時(shí)，初態(tài)和末態(tài)是不等價(jià)的，此時(shí)反向方擴(kuò)散的勢壘就是以末態(tài)能量為原點(diǎn)時(shí)鞍點(diǎn)的能量，對應(yīng)的有效頻率為末態(tài)三個(gè)振動(dòng)之積比鞍點(diǎn)態(tài)兩個(gè)振動(dòng)之積(排除虛頻)。(在NEB模塊2.3功能中輸入?yún)?shù)包含末態(tài)時(shí)，2.9功能會(huì)自動(dòng)計(jì)算反方向擴(kuò)散的有效頻率。)
(3) Test 模塊通常，一個(gè)體系在大規(guī)模進(jìn)行計(jì)算和分析之前，需要進(jìn)行截?cái)嗄軠y試和K點(diǎn)測試確定合適的ENCUT設(shè)置和KPOINS設(shè)置。
該模塊提供了快捷的Vasp截?cái)嗄軠y試和K點(diǎn)測試功能。
用戶界面：
包含功能：
功能標(biāo)簽功能名稱3.1截?cái)嗄軠y試3.2K點(diǎn)測試Test模塊功能示例：進(jìn)入到VaspCZ安裝目錄examples文件夾下：
cd /home/zhangzd/bin/VaspCZ/examples
3.1 截?cái)嗄軠y試做截?cái)嗄軠y試的目的是選取一個(gè)合適的截?cái)嗄?，截?cái)嗄軟Q定了Vasp計(jì)算過程中被作為贋勢處理的電子波函數(shù)的范圍。截?cái)嗄芴?，?jì)算得到的體系總能不可信，截?cái)嗄芴?，?jì)算中迭代需要花費(fèi)大量資源。
準(zhǔn)備好輸入文件(INCAR，POSCAR，POTCAR，KPOINTS和Vasp.sh)后，輸入?yún)?shù)即可快捷提交截?cái)嗄軠y試任務(wù)。
例如：進(jìn)入examples/3.1文件夾，調(diào)用vcz 3.1功能：
cd 3.1
vcz
3
1
輸入?yún)?shù)有：任務(wù)名前綴、節(jié)點(diǎn)數(shù)、核數(shù)和截?cái)嗄芰斜怼?/p>
默認(rèn)參數(shù)為：
參數(shù)默認(rèn)值任務(wù)名前綴ENCUT_節(jié)點(diǎn)數(shù)1核數(shù)8截?cái)嗄芰斜?00,250,300,350,400,450,500,550,600,650,700注意：截?cái)嗄芰斜硪杂⑽亩禾柛糸_。
提交任務(wù)后會(huì)以截?cái)嗄転槊麆?chuàng)建文件夾，在每個(gè)文件夾內(nèi)修改INCAR文件中的ENCUT為對應(yīng)值，而后提交結(jié)構(gòu)優(yōu)化任務(wù)，任務(wù)名為任務(wù)名前綴+截?cái)嗄堋?/p>
計(jì)算完成后，可以使用OS模塊的1.8功能檢查各截?cái)嗄軙r(shí)體系的總能，體系總能之差小于0.001 eV時(shí)，該截?cái)嗄芸蛇x為合適的截?cái)嗄堋?/p>3.2 K點(diǎn)測試
做K點(diǎn)測試的目的是選取一個(gè)KPOINS設(shè)置，K點(diǎn)決定了Vasp計(jì)算過程中倒空間的網(wǎng)格分隔點(diǎn)數(shù)，體系越大，合適的K點(diǎn)網(wǎng)格一般越小。
準(zhǔn)備好輸入文件(INCAR，POSCAR，POTCAR，KPOINTS和Vasp.sh)后，輸入?yún)?shù)即可快捷提交K點(diǎn)測試任務(wù)。
例如：進(jìn)入examples/3.2文件夾，調(diào)用vcz 3.2功能：
cd 3.2
vcz
3
2
輸入?yún)?shù)有：任務(wù)名前綴、節(jié)點(diǎn)數(shù)、核數(shù)和K點(diǎn)列表。
默認(rèn)參數(shù)為：
參數(shù)默認(rèn)值任務(wù)名前綴ktest_節(jié)點(diǎn)數(shù)1核數(shù)8K點(diǎn)列表111,333,555,777,999注意：K點(diǎn)列表以英文逗號隔開。
提交任務(wù)后會(huì)以K點(diǎn)為名創(chuàng)建文件夾，在每個(gè)文件夾內(nèi)KPOINTS文件中的網(wǎng)格為K點(diǎn)，而后提交結(jié)構(gòu)優(yōu)化任務(wù)，任務(wù)名為任務(wù)名前綴+K點(diǎn)。
計(jì)算完成后，可以使用OS模塊的1.8功能檢查各K點(diǎn)時(shí)體系的總能。
2. VaspCZ python APIpython API部分為有python基礎(chǔ)的研究者提供了本項(xiàng)目同通用功能的接口。通過庫便捷調(diào)用相關(guān)功能，以實(shí)現(xiàn)自定義高通量計(jì)算。庫名：VaspCZ.zzdlib，包含：shell模塊，F(xiàn)ile模塊和Vasp模塊
安裝和導(dǎo)入安裝軟件時(shí)自動(dòng)安裝庫，安裝說明見本說明第三章。
導(dǎo)入：進(jìn)入python3交互界面或在.py文件中導(dǎo)入庫：
import VaspCZ.zzdlib as zzd
此處只列出各模塊功能，詳細(xì)接口說明見API文檔
(1) shell模塊標(biāo)簽代碼功能1.1VaspCZ.zzdlib.getshellResult(code)返回shell命令控制臺(tái)輸出的結(jié)果，由每一行組成一個(gè)元素的列表。(2) File模塊標(biāo)簽代碼功能2.1VaspCZ.zzdlib.File.openFile(path, [mode=\'r\', data=None])讀取文件或保存文件2.2VaspCZ.zzdlib.File.substitudeData(data, keywords, newline, [mode=\'default\'])傳入文件數(shù)據(jù)，給出關(guān)鍵詞和新行，默認(rèn)情形搜索出現(xiàn)第一次出現(xiàn)關(guān)鍵詞的行并替換，mode不等于default是替換全部出現(xiàn)關(guān)鍵字的行，返回替換后的數(shù)據(jù)。2.3VaspCZ.zzdlib.File.getLine(data,keywords)給出關(guān)鍵詞，招傲有關(guān)鍵詞的第一行并返回，返回為字符串和所在的行索引。該功能用于獲取特定想信息或者用于判斷。2.4VaspCZ.zzdlib.getAllline(data, keywords)給出關(guān)鍵詞，返回所有帶有關(guān)鍵詞的所有行，返回為列表。該功能用于選擇性獲得文件特定行。2.5VaspCZ.zzdlib.getline(data)獲取文件數(shù)據(jù)中是空位的索引。2.6VaspCZ.zzdlib.Vaspsh_path獲取VaspCZ軟件默認(rèn)的PBS提交任務(wù)腳本Vasp.sh所在的文件路徑。(3) Vasp模塊標(biāo)簽代碼功能3.1VaspCZ.zzdlib.Vasp.decode_POSCAR(POSCAR)解碼POSCAR，返回一個(gè)基矢、原子種類、原子數(shù)目、每個(gè)原子的位置（取前4位）3.2VaspCZ.zzdlib.Vasp.modifyPOSCARele(oldele, new_ele)修改當(dāng)前路徑下POSCAR的原子種類，適合批量修改。3.3VaspCZ.zzdlib.Vasp.gennerate_POTCAR([elements=None, pseudotype=\'PBE\'])在當(dāng)前路徑生成POTCAR文件，需要在安裝中正確是指贋勢文件目錄，默認(rèn)贋勢文件目錄為用戶根目錄。贋勢目錄名為：PseudoPotential。3.4modifyPOSCARSelective_Dynamics(data, indexes)根據(jù)輸入的數(shù)據(jù)和索引修改POSCAR，添加Selective Dynamics, 索引所在的位置設(shè)置為T T T, 其他位置設(shè)置為 F F F3.5modifyINCARforvibrationanalysis修改當(dāng)前目錄的INCAR為振動(dòng)分析的INCAR并保存.3.6VaspCZ.zzdlib.Vasp.checkInputsVasp前檢查。提交計(jì)算任務(wù)前，檢查當(dāng)前目錄Vasp的各項(xiàng)輸入文件，將計(jì)算信息打印到控制臺(tái)，包含：計(jì)算路徑、SYSTEM、截?cái)嗄?、ISIF、離子更新方法、是否有磁性、電子收斂標(biāo)準(zhǔn)、離子收斂標(biāo)準(zhǔn)、原子種類個(gè)數(shù)、POTCAR原子類型、KPOINTS方法、網(wǎng)格大小、任務(wù)名、節(jié)點(diǎn)數(shù)與核數(shù)、是否加急。3.7VaspCZ.zzdlib.Vasp.checkandqsub([need_input=True])檢查前檢查并提交任務(wù)。內(nèi)部集成了上一個(gè)檢查輸入文件函數(shù)，使用中推薦該函數(shù)。3.8VaspCZ.zzdlib.Vasp.keepInputs([addfile=[], workdir=\'./\'])刪除工作目錄下的文件，僅保留輸入文件。默認(rèn)保留文件為：INCAR，POSCAR，POTCAR， KPOINTS和Vasp.sh3.9VaspCZ.zzdlib.Vasp.checkNEBperiod遍歷當(dāng)前路徑下的所有文件夾，如果發(fā)現(xiàn)有neb計(jì)算，判斷ini和fin分別的計(jì)算周期，并返回四、其它說明該項(xiàng)目已免費(fèi)開源，開源許可。
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作者水平有限，代碼有諸多不足之處，還望斧正。
當(dāng)前版本: 1.0.1
以上就是關(guān)于連接pos機(jī)的軟件,VaspCZ軟件詳細(xì)介紹的知識(shí)，后面我們會(huì)繼續(xù)為大家整理關(guān)于連接pos機(jī)的軟件的知識(shí)，希望能夠幫助到大家！
